- В мультсериалах «Черепашки-ниндзя» (1987 и 2012) учёный Бакстер Стокман в результате мутации превращается в напоминающее муху существо. Это дань уважения фильму ужасов «Муха» 1986 года режиссёра Дэвида Кроненберга. В 2005 году Кроненберг предложил Майклу Бэю сделать ремейк «Мухи», однако из этой идеи так ничего и не вышло.
- На регистрационном номере автомобиля можно прочесть: «Мираж 84». Черепашки-ниндзя впервые появились в комиксах компании «Mirage» в 1984 году.
- О планах снять продолжение фильма «Черепашки-ниндзя» было объявлено через два дня после его выхода на экраны в 2014 году.
- Это третий художественный фильм с элементами анимации о черепашках-ниндзя, в котором фигурирует Кейси Джонс.
- Стивен Амелл сравнил роль Кейси Джонса с ролью Оливера Куина из сериала «Стрела» (2012). «Кейси Джонс чем-то напоминает Оливера Куина из старых комиксов», — сказал он.
- Джудит Хоаг, снявшаяся в эпизодической роли, сыграла роль Эйприл О`Нил в фильме «Черепашки-ниндзя» (1990). Кроме того, она играла в фильме «Армагеддон» (1998) режиссёра Майкла Бэя.
- Девиз на боевом фургоне гласит «Братья-тартаруга» ("tartaruga» по-итальянски «черепаха»). В мультсериале «Мутанты черепашки ниндзя. Новые приключения!» (2003) на втором боевом фургоне можно прочесть девиз «Братья-тортуга» ("tortuga» — «черепаха» по-испански).
- В роли Рокстеди снялся профессиональный ирландский рестлер Шеймус, или Шимус (настоящее имя — Стефен Фаррелли).
- В новом боевом фургоне черепашек-ниндзя в этом фильме видны характерные черты его предшественников: - второй боевой фургон из мультсериала «Мутанты черепашки-ниндзя» 2003 года (им пользуются для слежки и скрытого наблюдения), - фургон из полнометражного мультфильма «Черепашки навсегда» 2009 года (переоборудованный мусоровоз) и - фургон из мультсериала «Черепашки-ниндзя» 2012 года (с пушкой, которая стреляет крышками канализационных люков).
- Изначально выход фильма в прокат планировался на 2017 год.
- В фильме присутствует мутаген фиолетового, а не привычного зелёного цвета. Это дань уважения авторов фильма мультсериалу 1987 года, где мутагены разных цветов вызывали разные мутации.
- Во время парада в канун Дня всех святых Микеланджело видит человека в костюме Бамблби из вселенной Трансформеров. Майкл Бэй был режиссёром и продюсером художественных фильмов с элементами анимации о Трансформерах и таких же картин о черепашках-ниндзя.