Сюжет «Пингвинов Мадагаскара» строится вокруг самопровозглашенных коммандос Ковальски, Шкипера, Рико и Рядового, выполняющих ежедневные сверхсекретные операции на территории нью-йоркского зоопарка, иногда пробираясь в метро и подземные коммуникации…
Шпионские игры продолжаются. Спецслужбы не могут оставить Перрена в покое — новый министр нашёл досье на высокого блондина, заведённое Бернаром Миланом, и следуя подсказке капитана Камбрэ, подозревающего Тулуза в фарсе с высоким блондином и убийстве Милана, приказывает полковнику Тулузу представить ему «суперагента». Тот в смятении придумывает историю о том, что блондин совсем недавно погиб при выполнении спецоперации в тропиках, но министр требует привести тело на родину для захоронения с почестями. Тулуз посылает своих людей в Рио-де-Жанейро, где Перрен живёт с Кристин, чтобы убить его. Блондин снова уходит от опасности, ни о чём не подозревая. Тогда Тулуз со своими агентами похищает Кристин, и теперь блондин вынужден выполнять его требования — приехать в Париж и разыграть из себя суперагента перед министром, что убедило бы его прекратить расследование убийства Милана. Министр намеревается послать «суперагента» на важное и очень опасное задание. Тулуз хочет избавиться от блондина, после того, как он сыграет свою роль, так как теперь он «слишком много знает». На помощь Перрену приходит его друг Морис…
Рассеянного скрипача-виртуоза Франсуа Перрена принимают за секретного суперагента. Высокий блондин оказывается крепким орешком. Он с легкостью избегает всех опасностей, даже не подозревая о них.
